Sự suy tàn của đạo Phật tại Ấn Độ có thể đã bắt đầu từ thế kỉ thứ 7 và đạo Phật thực sự biến mất trên đất Ấn vào thế kỉ thứ 14. Mãi cho đến thế kỉ thứ 19 thì phong trào chấn hưng Phật giáo tại Ấn mới bắt đầu lại.

Sự phân hoá của Phật giáo

Từ thế kỉ thứ 7 trở đi, đạo Phật đã có nhiều phân hoá. Nhiều tông phái đã xuất hiện lại có đường lối dị biệt và nhiều lúc chia rẽ nhau. Thời gian đó, cũng là lúc ra đời các tông phái Mật tông. Các phái này đưa ra rất nhiều hình ảnh Bồ Tát và có nhiều hoạt động về hình thức tương tự với việc thờ cúng thần linh của Ấn giáo, do đó, ít nhiều đã làm lu mờ các điểm đặc thù của Phật giáo. Sự bao dung và tự do của Phật giáo cũng là một tiền đề cho sự suy tàn. Các vua trong nước Ấn mặc dù sẵn sàng nghe thuyết giảng Phật pháp nhưng vẫn không bỏ quên đạo Bà La Môn và không ngừng phát huy đạo này thay vì Phật giáo.

Quan hệ với Ấn Độ giáo

Ấn Độ giáo (hay Bà La Môn) là một tôn giáo ra đời từ thế kỉ 15 TCN, với một điểm đặc thù là nó sẵn sàng tiếp thu các nguyên lý hay khái niệm của đạo khác. Trong số tín đồ Phật giáo có rất nhiều tu sĩ phát gốc từ đạo Bà La Môn nên các tư tưởng và nề nếp của Ấn giáo có ảnh hưởng ít nhiều đến đạo Phật. Mặt khác quan trọng hơn là việc Ấn giáo đã mặc nhiên thu nạp các tư tưởng của Phật giáo để làm thành tư tưởng Bà La Môn. (Trong đó có việc Phật Thích Ca Mâu Ni đã trở thành một vị tiên tri quan trọng của tôn giáo này). Những cuộc tự đổi mới của Ấn Độ giáo kể từ thế kỉ thứ 7 đã đem lại sinh khí cho tôn giáo này cũng như làm mờ nhạt dần hình ảnh Phật giáo. Sự pha trộn của các tư tưởng Phật giáo vào Ấn giáo sâu và rộng đến nỗi một người bình dân rất khó phân biệt được rõ ràng giữa Ấn giáo và Phật giáo. Mãi cho đến ngày nay, khi nghiên cứu về Phật giáo và Ấn giáo nhiều tác giả Tây phương vẫn còn bối rối khi phân biệt hai tôn giáo này. Ngoài ra, trong thời gian đó, với đặc tính dễ thích nghi và phù hợp với nhu cầu thờ phụng của người bình dân ở Ấn Độ, đạo Phật đã dần dà trở thành thứ yếu hay trở thành tôn giáo của tầng lớp trí thức.

Sự bành trướng của Hồi giáo

Vào nửa cuối thế kỉ thứ 8, vua Al-Mahdi (775-785) của triều đại Hồi giáo Abbasad đã đem quân tấn công Ấn Độ. Họ đã phá hủy, cướp bóc các tài liệu, công trình, kiến trúc Phật giáo—trong đó quan trọng là trung tâm Phật học Valabhi (Valabhī). Mặc dù sau đó họ không tiếp tục bức hại Phật giáo, nhưng dầu sao đây cũng là bước đầu trong việc hủy hoại Phật giáo tại Ấn Độ, Afghanistan và Trung Đông.

Đến năm 1178, quân đội Hồi giáo của Muhammad Ghuri đã tiến hành nhiều cuộc chinh phạt Ấn Độ. Hầu hết các công trình Phật giáo đã bị tiêu hủy. Vào năm 1197, trung tâm Phật giáo Nālandā bị hủy diệt hoàn toàn, kể cả các tăng sĩ. Vikramaśīla cũng bị chiếm năm 1203, chấm dứt hoàn toàn một thời đại lịch sử của Phật giáo tại Ấn Độ.